Лечебный факультет был основан в октябре 1955 года. Первым деканом лечебного факультета был доцент К. А. Зуфаров. В то время на факультете действовало 10 кафедр и обучалось 120 студентов. В дальнейшем количество студентов увеличилось, и число кафедр также стало расти. К 1957 году на должность декана лечебного факультета был назначен заведующий кафедрой биохимии, доцент М. Г. Мирзакаримов. В настоящее время на нашем факультете существуют 4 направления: лечебное дело, профессиональное образование, народная медицина и высшее сестринское дело. В настоящее время по данным направлениям обучаются всего 5751 студента, из них 1327 — на основе государственного гранта, 4424 — на платно-контрактной основе. Из них: • по направлению «Лечебное дело» — 1245 студентов обучаются на основе государственного гранта, 3998 — на платно-контрактной основе; • по направлению «Профессиональное образование» — 32 студента на основе государственного гранта, 334 — на платно-контрактной основе; • по направлению «Народная медицина» — 49 студентов обучаются на платно-контрактной основе; • по направлению «Высшее сестринское дело» — 14 студентов обучаются на основе государственного гранта, 43 — на платно-контрактной основе. Студентка 6 курса 2023 года Бутабоева Мушаррафхон Махмуджон кизи является обладателем государственной стипендии имени Ислама Каримова. Студенты 6 курса Абдурахмонов Шохжахон Икромжон угли, Алижонов Достонбек Анваржон угли и Солиева Мадина Икболжон кизи являются обладателями государственной стипендии имени Ибн Сино.

Педиатрический факультет создан в 1966 году. В 1972 году факультет был закрыт в связи с открытием в Ташкенте Среднеазиатского медицинского педиатрического института, а в 1977 году восстановлен. В настоящее время на педиатрическом факультете функционируют 14 кафедр. На педиатрическом факультете готовят специалистов — врачей-педиатров общего профиля, работающих в системе первичной медицинской помощи. На факультете работают 238 преподавателей, из них 14 — доктора наук и профессора, 82 — кандидаты наук и доценты, 142 — старшие преподаватели и ассистенты, которые обучают студентов секретам медицинской науки. В настоящее время на факультете обучаются 2074 студента. Одарённые студенты факультета принимают участие в республиканских конкурсах и смотрах, становятся лауреатами стипендий, учреждённых для одарённой молодёжи, и добиваются значительных успехов. Студентка 6 курса 2022 года Инакова Зебинисо стала обладателем государственной стипендии имени Ибн Сино. Студент 6 курса 2023 года Абдурашидов Абдурауф удостоен государственной Президентской стипендии. Студенты 5 курса Азимов Акмал и Тулаков Элбек стали обладателями государственной стипендии имени Ибн Сино, а Кулдашева Гульшода —государственной стипендии имени Ислама Каримова.

Стоматологический факультет был создан в декабре 2016 года в Андижанском государственном медицинском институте на основании Постановления Президента Республики Узбекистан за № ПП-2659 от 21 ноября 2016 года, а также приказов Министерства здравоохранения за № 500 от 22 ноября 2016 года и Министерства высшего и среднего специального образования за №481 от 23 ноября 2016 года. В настоящее время на факультете работают 1 декан, 3 заместителя декана, 1 методист деканата, 1 диспетчер по учебной работе и 2 делопроизводителя деканата. В настоящее время на факультете имеются 14 кафедр, которые в основном расположены в учебном корпусе института, клинике института, областной детской стоматологической поликлинике и областных стоматологических поликлиниках. Обучение ведут 218 профессоров и преподавателей. Из них 14 доктора наук, профессора, 24 кандидаты наук и доцентыr, 28 старших преподавателей, 152 ассистенты и преподаватели. Научный потенциал профессоров-преподавателей факультета более 33%, что считается хорошим показателем среди республиканских медицинских институтов. Студенты стоматологического факультета принимают участие в различных научно-практических конференциях со своими научными статьями. Они становятся обладателями государственных стипендий имени Ибн Сино и Ислама Каримова, стипендии Президента Республики Узбекистан, а также стипендий хокима области. Одарённые студенты принимают активное участие в олимпиадах, проводимых в республике и за рубежом, занимая призовые и почётные места.

Фармацевтический факультет был включён в действующую структуру института на основании приказа ректора Андижанского государственного медицинского института за№ 257-Т от 25 августа 2022 года и решения Наблюдательного совета института. К данному факультету были прикреплены направления по видам фармации, а также направление промышленной фармации. В настоящее время на факультете работают 1 декан, 3 заместителя декана и 1 методист. На факультете функционируют 13 кафедр, где 159 профессоров и преподавателей обучают студентов основам медицинской науки. Численность студентов, обучающихся на фармацевтическом факультете, составляет: • 1 курс — 131 студент, • 2 курс — 127 студентов, • 3 курс — 151 студент, • 4 курс — 125 студентов, • 5 курс — 232 студента. Общее количество студентов — 766 человек. Студенты факультета активно участвуют во многих республиканских и международных конкурсах. Студентка 5 курса Хакимова Ойгул Собитали кизи в 2023 году стала победительницей Республиканского конкурса «Женщина года», а также обладателем номинации «Перспективный инноватор» в рамках конкурса «InnoWeek.uz–2023».